Une gastro-entérite est une infection inflammatoire du système digestif pouvant entraîner de la nausée, des vomissements, des crampes abdominales, des flatulences et de la diarrhée, ainsi que de la déshydratation, de la fièvre et des céphalées (maux de tête).

La gastro-entérite peut être d’origine bactérienne, c’est-à-dire due à la consommation d’eau ou de nourriture contaminée par des bactéries, telles que les colibacilles présents dans les selles. Des symptômes de gastro-entérite peuvent aussi être dus à des parasites internes, protozoaires ou amibes pathogènes, tel qu’Entamoeba histolytica provoquant la dysenterie amibienne ou amibiase généralement due à des installations sanitaires absentes ou inadéquates.

Cependant, dans plus des deux tiers des cas, elle est causée par des virus comme les rotavirus, (provoquant en particulier la gastro-entérite infantile), les norovirus (dont le virus de Norwalk), les adenovirus, des calicivirus et des astrovirus. La gastro-entérite est communément appelée « grippe intestinale » (terme inadéquat mais très répandu), lorsqu’elle est causée par un virus, et « empoisonnement alimentaire » ou plus justement « intoxication alimentaire » lorsque causée par une bactérie.

La gastro-entérite peut également révéler une dysenterie des voyageurs, aussi connue sous le terme de diarrhée du voyageur ou tourista. Celle-ci peut être due à une infection, le plus souvent par des bactéries (notamment Salmonella, Aeromonas, Escherichia coli, Campylobacter, Shigella, Vibrio cholerae (causant le choléra) et Vibrio (non cholérique). Parfois, l’infection peut provenir de virus, norovirus (principalement virus de Norwalk), adénovirus, astrovirus, entérovirus, rotavirus. Plus rarement, la tourista sera causée par des amibes ou protozoaires parasitaires (Cyclospora, Entamoeba histolytica, Cryptosporidium, Giardia ou autre parasite intestinal).

La diarrhée s’accompagne souvent de vomissements et de poussées de fièvre, mais les symptômes varient en fonction des individus. En effet, certains se contentent de vomir, d’autres n’ont aucun symptôme, et certains n’ont que la diarrhée. Si elle est trop importante, elle peut mener à une déshydratation de l’organisme.

Si la diarrhée perdure, elle peut laisser des séquelles sur la paroi intestinale, menant à une pathologie appelée syndrome de malabsorption.

Épidémiologie

Le rotavirus est la cause la plus courante de diarrhée et de déshydratation chez l’enfant, en particulier dans les pays développés. Dans le monde, on estime que 125 millions de diarrhées sont provoquées annuellement par ce virus (soit plus de 1 900 cas pour 100 000 habitants). On estime que chaque année, 800 000 personnes meurent de gastro-entérite dans le monde, dont 500 000 enfants de moins de cinq ans, ce qui représente 25 % des morts par diarrhées et 6 % des morts de moins de cinq ans.

Aux États-Unis, on estime que le rotavirus touche 80 % des enfants de moins d’un an ; chaque année, 500 000 enfants doivent faire l’objet de soins médicaux, et 50 000 doivent être hospitalisés.

En France, lors du pic de l’épidémie hivernale 2005–2006, on estime que 1 850 000 personnes ont consulté leur médecin généraliste en 8 semaines pour une gastro-entérite ; l’incidence a été de 367 cas pour 100 000 habitants (le seuil épidémique étant fixé à 279 cas pour 100 000 habitants). La surveillance de l’évolution de l’incidence en France est effectuée par le réseau Sentinelles de l’Inserm qui publie ces données, comme une société de communication spécialisée qui met aussi ces données à la disposition du public.

Il s’agit donc d’un important problème de santé publique. D’autant que chaque année, l’épidémie de gastro-entérite à rotavirus concorde souvent avec les épidémies de bronchiolite et de grippe, pouvant mettre en difficulté les systèmes de soins pédiatriques.

On peut remarquer que les gastro-entérites virales sont en recrudescence pendant l’hiver, surtout en Amérique du Nord et en Europe.

Diagnostic

Les symptômes habituels de la gastro-entérite sont des nausées, la perte d’appétit, crampes abdominales et vomissements qui apparaissent brutalement, de la diarrhée, de la fièvre et des céphalées (maux de tête). Plus rarement, des vertiges et une hypotension peuvent accompagner les symptômes, sans doute liés à la déshydratation et à la fatigue.

Les symptômes communément associés à la gastro-entérite, c’est-à-dire principalement les vomissements et la diarrhée, peuvent également être signes d’un empoisonnement (fruits de mer, champignons toxiques) ou d’infections systémiques (pneumonie, septicémie, etc.). Par un interrogatoire précis et le contexte clinique, il sera possible d’éliminer ces hypothèses.

La gastro-entérite peut parfois déboucher sur des complications telles que la déshydratation, pouvant même conduire à une hospitalisation. Les personnes à risque sont les jeunes enfants et les nourrissons, les personnes âgées, et les personnes ayant un système immunitaire affaibli par une maladie (VIH par exemple). Les signes de la déshydratation sont une sécheresse de la peau et de la bouche, les yeux et les parties molles du crâne (chez les nourrissons) enfoncées, des faiblesses, crampes, et perte de poids, et des urines moins fréquentes et plus foncées que d’habitude.

Si l’on suspecte une gastro-entérite d’origine bactérienne, il est possible d’effectuer une analyse des selles au laboratoire (coproculture) à la recherche de la bactérie en cause.

Génétique

Une mutation sur le gène FUT2 (en), présente chez 20 % des Européens, confère une haute résistance, voire une immunité, contre le norovirus, responsable à 85 % des gastro-entérites non bactériennes, en dehors du jeune enfant.

Genes notable for their function

Genes that have attracted media attention

Genes causing hereditary diseases

It is the occurrence of an abnormality in these genes that causes the disease.

Genes contributing to multifactorial diseases